Enorme Effizienzsteigerung bei Nutzung des Grid
Neue Software der Gravitationsphysik und Genomforschung reduziert den Arbeitsaufwand um 95%. Präsentation vom 22. bis 24. März in Dresden.
Dr. Beck-Ratzka, Leiter der Arbeitsgruppe eScience am Max-Planck-Institut für Gravitationsphysik (Albert- Einstein-Institut/AEI) und Mitglied des Technical Advisory Boards des D-Grid, erläutert: „Brauchte man vor zwei Jahren noch täglich drei bis vier Stunden um 5.000 gleichzeitig laufende Datenanalysen im Grid zu kontrollieren, so reichen dafür heute 5-10 Minuten. Dies bedeutet eine Minderung des Arbeitsaufwandes um 95%! Damit hat das Grid-Computing das Stadium der Produktionsreife erreicht.“
Assist. Prof. U.D. Dr. Tobias A. Knoch, Leiter der internationalen Arbeitsgruppe Biophysikalische Genomik (Bioquant Zentrum/Deutschen Krebsforschungszentrum, Heidelberg, bzw. Erasmus Medical Center, Rotterdam) ergänzt: „Grids sind für uns die entscheidenden Schlüsseltechnologien zum Verständnis des Lebens und vor allem im Kampf gegen Krankheiten. In einer internationalen Kooperation waren Gridressourcen entscheidend, um in einer Gruppe von mehr als 20.000 Menschen DNA Sequenzen zu finden, die vor allem für die Behandlung chronischer Lungenkrankheiten entscheidende Impulse liefern.“
Die neue Software ermöglicht Beck-Ratzka und Knoch täglich 400.000-500.000 CPU-Stunden zu nutzen, indem sie die erforderlichen Programme automatisch installiert und behebbare Fehler auch automatisch beseitigt. Mit der hohen CPU-Stundenzahl sind die Wissenschaftler vom AEI und aus der AG Biophysikalische Genomik die größten Nutzer von Grid-Ressourcen in Deutschland und zählen zusammen sogar zu den Hauptnutzern auf internationaler Ebene.
Astrophysik und Genomforschung wollen in Zukunft ihre Expertise und ihre Software zur Verfügung stellen, um neuen Nutzern einen einfachen Grid-Zugang zu ermöglichen. Bisher sind bereits über 50 Interessenten an die Wissenschaftler herangetreten.
Dr. Alexander Beck-Ratzka und Assist. Prof. U.D. Dr. Tobias A. Knoch stehen Ihnen während des All- Hands-Meetings in Dresden gerne zum persönlichen Gespräch zur Verfügung.
Veröffentlichungen:
Software GAT: A. Eifer et al., 2009: JavaGAT Adaptor for UNICORE 6 - Development and Evaluation in the Project AeroGrid. Proceedings of 5th UNICORE Summit 2009 in conjunction with EuroPar 2009, Delft, The Netherlands, LNCS (akzeptiert).
Software GRIMP: K. Estrada et al., 2009: GRIMP: a web- and grid-based tool for high-speed analysis of large-scale genome-wide association using imputed data, Bioinformatics, 25, 2750-2752, 2009.
Lungenforschung: D. B. Hancock et al., 2009: Meta-analyses of genome-wide association studies identify multiple loci associated with pulmonary function. Nature Genetics. Online Dec. 13, 2009.
